La orina y las heces de los peces contaminaran el agua del acuario. Muchas veces este hecho no es tomado en consideración ya que no parece que ocure nada a simple vista. Estos tóxicos  deben ser removidos mediante cambios de agua a con un sistema de filtrado en el cual estarán las bacterias que debemos incorporar en el filtro, estas bacterias convierten el amoniaco en nitritos y el nitrito en nitratos. Las bacterias sin embargo solo pueden existir en material filtrante apropiado de gran superficie y con suficiente concentración de oxigeno, este material ya viene en los filtros de calidad y si no viene nuestra tienda favorita nos lo proporcionará gustosamente

La filtración con acondicionadores químicos no es un filtrado en si mas bien pertenece al capitulo quimica pero pueden ser usados en el recipiente del filtro.

Pertenecen a los acondicionadores químicos los intercambiadores de iones producidos industrialmente , unos reducen la dureza del carbonato ortos la dureza del sulfato incluso absorben nitratos

El filtro químico debe colocarse tras el filtro mecánico para proteger el valioso material filtrante de partículas. Estos materiales son muy costosos pero pueden ser regenerados siguiendo varios métodos uno de ellos es  usando sal de mesa(regenerador del intercambiador de dureza de carbonato)

La turba no es un material que se use habitualmente ya que no es muy cómodo de usar y colorea el agua de un tono amarillento pero es un buen material filtrante, este se debe cambiar periódicamente.

Puede ser utilizado para bajar la dureza del agua

La salida del filtro se colocara de forma que mantenga la superficie del agua en movimiento constante, la superficie del agua sirve para el intercambio de gases, el oxigeno es incorporad y el dióxido de carbono es ventilado, sin embargo un movimiento excesivo también se pierde el ácido carbónico importante para el crecimiento de las plantas, la superficie debe en forma circular, las turbulencias son innecesario y si el filtro no es capaz de mover todo el acuario debido a su escasa potencia se debe instalar un difusor en la esquina opuesta a la entrada del filtro . El enriquecimiento del agua solo se produce cuando existe oxígeno por arriba de esta, se requiere de ductos de ventilación en la tapa y suficiente espacio entre la superficie del agua y la tapa

La corriente de agua en el acuario es muy importante tato paro los peces como para las plantas, esta corriente previene la nata causada por bacterias y el polvo en la superficie del agua, afortunadamente en las tiendas disponemos de un filtro de superficie que va creando una succión que limpia la superficie (esquimer) los peces gustan de pararse en la corriente esperando llevarse algo a la boca, esto obliga a los peces a hacer ejercicio y mantenerse en forma.

Para las plantas también es importante ya que les hace llegar nutrientes los cuales serán absorbidos por las hojas, dicha corriente también sirve para distribuir el calor del calentador y evitar así las zonas frías, dichas zonas provocan que los peces se resfrien y enfermen, también provocan lo que llamamos pies fríos de las plantas que retrasan su crecimiento